\relax 
\providecommand\hyper@newdestlabel[2]{}
\catcode `"\active 
\providecommand\HyperFirstAtBeginDocument{\AtBeginDocument}
\HyperFirstAtBeginDocument{\ifx\hyper@anchor\@undefined
\global\let\oldcontentsline\contentsline
\gdef\contentsline#1#2#3#4{\oldcontentsline{#1}{#2}{#3}}
\global\let\oldnewlabel\newlabel
\gdef\newlabel#1#2{\newlabelxx{#1}#2}
\gdef\newlabelxx#1#2#3#4#5#6{\oldnewlabel{#1}{{#2}{#3}}}
\AtEndDocument{\ifx\hyper@anchor\@undefined
\let\contentsline\oldcontentsline
\let\newlabel\oldnewlabel
\fi}
\fi}
\global\let\hyper@last\relax 
\gdef\HyperFirstAtBeginDocument#1{#1}
\providecommand\HyField@AuxAddToFields[1]{}
\providecommand\HyField@AuxAddToCoFields[2]{}
\select@language{finnish}
\@writefile{toc}{\select@language{finnish}}
\@writefile{lof}{\select@language{finnish}}
\@writefile{lot}{\select@language{finnish}}
\citation{vuorela_role_2010}
\citation{ollila2012interfacial}
\citation{goldnanoparticle}
\@writefile{toc}{\contentsline {chapter}{\numberline {1.}Johdanto}{1}{chapter.1}}
\@writefile{lof}{\addvspace {10\p@ }}
\@writefile{lot}{\addvspace {10\p@ }}
\citation{Toth-2005-ID72}
\citation{vonEckardstein-2001-ID73}
\citation{Toth-2005-ID72}
\citation{chapman1981density}
\citation{goulinet1997plasma}
\citation{fig_struct}
\citation{fig_struct}
\@writefile{toc}{\contentsline {chapter}{\numberline {2.}HDL}{2}{chapter.2}}
\@writefile{lof}{\addvspace {10\p@ }}
\@writefile{lot}{\addvspace {10\p@ }}
\citation{Ohashi-2005-ID75}
\citation{Segrest-1999-ID79}
\citation{huang_apolipoprotein_2011}
\citation{Silva-2008-ID78}
\citation{Segrest-1999-ID79}
\citation{Silva-2008-ID78}
\citation{huang_apolipoprotein_2011}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {2.1}{\ignorespaces Lipoproteiinin rakenne \cite  {fig_struct}. \relax }}{3}{figure.caption.4}}
\providecommand*\caption@xref[2]{\@setref\relax\@undefined{#1}}
\newlabel{fig:struct}{{2.1}{3}{Lipoproteiinin rakenne \cite {fig_struct}. \relax }{figure.caption.4}{}}
\@writefile{toc}{\contentsline {section}{\numberline {2.1}K\IeC {\"a}\IeC {\"a}nteinen kolesterolin kuljetus}{3}{section.2.1}}
\@writefile{toc}{\contentsline {section}{\numberline {2.2}Proteiinien konformaatio}{3}{section.2.2}}
\citation{hdlzeta}
\citation{sparks1992quantitative}
\@writefile{toc}{\contentsline {section}{\numberline {2.3}Zeta-potentiaali}{4}{section.2.3}}
\citation{HUMP96}
\citation{Tange2011a}
\citation{numpy}
\citation{allen2004introduction}
\@writefile{toc}{\contentsline {chapter}{\numberline {3.}Menetelm\IeC {\"a}t}{5}{chapter.3}}
\@writefile{lof}{\addvspace {10\p@ }}
\@writefile{lot}{\addvspace {10\p@ }}
\@writefile{toc}{\contentsline {section}{\numberline {3.1}Molekyylidynamiikka}{5}{section.3.1}}
\citation{gromacsman}
\@writefile{toc}{\contentsline {section}{\numberline {3.2}Analyysimenetelm\IeC {\"a}t}{6}{section.3.2}}
\@writefile{toc}{\contentsline {subsection}{\numberline {3.2.1}HDL:n koko ja rakenne}{6}{subsection.3.2.1}}
\citation{gromacsman}
\citation{Vermeer2007}
\@writefile{toc}{\contentsline {subsection}{\numberline {3.2.2}Fosfolipidikerroksen ominaisuudet}{7}{subsection.3.2.2}}
\citation{JCC:JCC540160303}
\citation{dssp}
\citation{dssp83}
\newlabel{eq:areaperlipid}{{3.7}{8}{Fosfolipidikerroksen ominaisuudet}{equation.3.2.7}{}}
\@writefile{toc}{\contentsline {subsection}{\numberline {3.2.3}Proteiinien konformaatio}{8}{subsection.3.2.3}}
\@writefile{toc}{\contentsline {subsection}{\numberline {3.2.4}S\IeC {\"a}hk\IeC {\"o}staattinen potentiaali}{8}{subsection.3.2.4}}
\citation{goldnanoparticle}
\newlabel{eq:debyehuckel}{{3.10}{9}{Sähköstaattinen potentiaali}{equation.3.2.10}{}}
\citation{HUMP96}
\citation{HUMP96}
\@writefile{toc}{\contentsline {chapter}{\numberline {4.}Systeemit ja simulaatiot}{10}{chapter.4}}
\@writefile{lof}{\addvspace {10\p@ }}
\@writefile{lot}{\addvspace {10\p@ }}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {4.1}{\ignorespaces Ison HDL:n rakenne simulaation alussa ja lopussa. Vasemmanpuoleisessa kuvassa proteiinit (violetti) ovat aseteltuna lipidirakkulan ymp\IeC {\"a}rille. Fosfolipidit (vihre\IeC {\"a}) peitt\IeC {\"a}v\IeC {\"a}t l\IeC {\"a}hes koko lipidirakkulan, mutta my\IeC {\"o}s kolesteryylioleaattia (oranssi) on joissain kohdissa hieman n\IeC {\"a}kyviss\IeC {\"a}. Oikeanpuoleisessa kuvassa n\IeC {\"a}hd\IeC {\"a}\IeC {\"a}n simulaation lopputulos. Proteiinit ovat asettuneet kiinni lipidirakkulan pintaan, ja alfa-heliksit ovat osittain purkautuneet. Graafinen esitys systeemist\IeC {\"a} tehtiin VMD-ohjelmistolla \cite  {HUMP96}.\relax }}{10}{figure.caption.5}}
\newlabel{fig:alkurakenne}{{4.1}{10}{Ison HDL:n rakenne simulaation alussa ja lopussa. Vasemmanpuoleisessa kuvassa proteiinit (violetti) ovat aseteltuna lipidirakkulan ympärille. Fosfolipidit (vihreä) peittävät lähes koko lipidirakkulan, mutta myös kolesteryylioleaattia (oranssi) on joissain kohdissa hieman näkyvissä. Oikeanpuoleisessa kuvassa nähdään simulaation lopputulos. Proteiinit ovat asettuneet kiinni lipidirakkulan pintaan, ja alfa-heliksit ovat osittain purkautuneet. Graafinen esitys systeemistä tehtiin VMD-ohjelmistolla \cite {HUMP96}.\relax }{figure.caption.5}{}}
\citation{fig_co}
\citation{fig_popc}
\citation{fig_co}
\citation{fig_popc}
\citation{van1988leap}
\citation{nose1984unified}
\citation{hoover1985canonical}
\citation{parrinello1981polymorphic}
\citation{darden1993particle}
\citation{essmann1995smooth}
\citation{hess1997lincs}
\citation{hess2008p}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {4.2}{\ignorespaces Simulaatioissa k\IeC {\"a}ytetyt lipidit: kolesteryylioleaatti (CO) ja 1-palmitoyyli-2-oleoyyli-sn-glysero-3-fosfokoliini (POPC). Kolesteryylioleaatin nelj\IeC {\"a}st\IeC {\"a} hiilirenkaasta koostuvan rungon molemmissa p\IeC {\"a}iss\IeC {\"a} on hiiliketjut, joten molekyyli on hyvin hydrofobinen. POPC koostuu hydrofiilisesta p\IeC {\"a}\IeC {\"a}ryhm\IeC {\"a}st\IeC {\"a} ja kahdesta pitk\IeC {\"a}st\IeC {\"a} hydrofobisesta hiiliketjusta. Rakennekaavat: \cite  {fig_co} ja \cite  {fig_popc}.\relax }}{11}{figure.caption.6}}
\newlabel{fig:lipidit}{{4.2}{11}{Simulaatioissa käytetyt lipidit: kolesteryylioleaatti (CO) ja 1-palmitoyyli-2-oleoyyli-sn-glysero-3-fosfokoliini (POPC). Kolesteryylioleaatin neljästä hiilirenkaasta koostuvan rungon molemmissa päissä on hiiliketjut, joten molekyyli on hyvin hydrofobinen. POPC koostuu hydrofiilisesta pääryhmästä ja kahdesta pitkästä hydrofobisesta hiiliketjusta. Rakennekaavat: \cite {fig_co} ja \cite {fig_popc}.\relax }{figure.caption.6}{}}
\@writefile{toc}{\contentsline {section}{\numberline {4.1}Voimakentt\IeC {\"a}, algoritmit ja parametrit}{11}{section.4.1}}
\citation{vuorela_role_2010}
\citation{huang_apolipoprotein_2011}
\citation{seelig1978molecular}
\citation{catte2006novel}
\@writefile{toc}{\contentsline {chapter}{\numberline {5.}Tulokset}{13}{chapter.5}}
\@writefile{lof}{\addvspace {10\p@ }}
\@writefile{lot}{\addvspace {10\p@ }}
\@writefile{toc}{\contentsline {section}{\numberline {5.1}HDL:n koko ja rakenne}{13}{section.5.1}}
\@writefile{lot}{\contentsline {table}{\numberline {5.1}{\ignorespaces HDL-hiukkasen koko ja fosfolipidikerroksen ominaisuudet. S\IeC {\"a}de laskettiin atomien tiheysjakaumien perusteella. Fosfolipidikalvon paksuus laskettiin p\IeC {\"a}\IeC {\"a}ryhm\IeC {\"a}n ja sn1-hiiliketjun p\IeC {\"a}\IeC {\"a}n et\IeC {\"a}isyyksien (HDL:n keskipisteest\IeC {\"a}) erotuksena. Pinta-ala per lipidip\IeC {\"a}\IeC {\"a}ryhm\IeC {\"a} laskettiin kaavalla \ref  {eq:areaperlipid}.\relax }}{13}{table.caption.8}}
\newlabel{tbl:koko}{{5.1}{13}{HDL-hiukkasen koko ja fosfolipidikerroksen ominaisuudet. Säde laskettiin atomien tiheysjakaumien perusteella. Fosfolipidikalvon paksuus laskettiin pääryhmän ja sn1-hiiliketjun pään etäisyyksien (HDL:n keskipisteestä) erotuksena. Pinta-ala per lipidipääryhmä laskettiin kaavalla \ref {eq:areaperlipid}.\relax }{table.caption.8}{}}
\citation{hennere2009molecular}
\citation{huang_apolipoprotein_2011}
\citation{huang_apolipoprotein_2011}
\newlabel{fig:rdf}{{5.1a}{14}{Systeemin eri komponentit.\relax }{figure.caption.7}{}}
\newlabel{sub@fig:rdf}{{a}{14}{Systeemin eri komponentit.\relax }{figure.caption.7}{}}
\newlabel{fig:rdf_aa}{{5.1b}{14}{Proteiinien hydrofobiset ja hydrofiiliset aminohapot.\relax }{figure.caption.7}{}}
\newlabel{sub@fig:rdf_aa}{{b}{14}{Proteiinien hydrofobiset ja hydrofiiliset aminohapot.\relax }{figure.caption.7}{}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {5.1}{\ignorespaces Radiaalinen atomitiheys et\IeC {\"a}isyydell\IeC {\"a} $r$ HDL:n massakeskipisteest\IeC {\"a}. Yhten\IeC {\"a}iset viivat kuvaavat isoa systeemi\IeC {\"a} ja katkoviivat kuvaavat pient\IeC {\"a} systeemi\IeC {\"a}.\relax }}{14}{figure.caption.7}}
\@writefile{lot}{\contentsline {table}{\numberline {5.2}{\ignorespaces Liuottimen (veden) saavutettavissa oleva pinta-ala (SASA). Taulukossa on esitetty absoluuttinen arvo nanometrein\IeC {\"a} koko hiukkaselle, sek\IeC {\"a} eritelty eri komponenttien prosentuaalinen osuus.\relax }}{14}{table.caption.10}}
\newlabel{tbl:sasa}{{5.2}{14}{Liuottimen (veden) saavutettavissa oleva pinta-ala (SASA). Taulukossa on esitetty absoluuttinen arvo nanometreinä koko hiukkaselle, sekä eritelty eri komponenttien prosentuaalinen osuus.\relax }{table.caption.10}{}}
\citation{huang_apolipoprotein_2011}
\citation{wimley1996experimentally}
\citation{vuorela_role_2010}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {5.2}{\ignorespaces Fosfolipidien hiiliketjujen j\IeC {\"a}rjestysparametrit.\relax }}{15}{figure.caption.9}}
\newlabel{fig:order}{{5.2}{15}{Fosfolipidien hiiliketjujen järjestysparametrit.\relax }{figure.caption.9}{}}
\@writefile{toc}{\contentsline {section}{\numberline {5.2}Proteiinien konformaatio}{15}{section.5.2}}
\citation{goldnanoparticle}
\newlabel{fig:potentiaali}{{5.3a}{16}{Sähköstaattinen potentiaali etäisyydellä $r$ HDL:n massakeskipisteestä.\relax }{figure.caption.11}{}}
\newlabel{sub@fig:potentiaali}{{a}{16}{Sähköstaattinen potentiaali etäisyydellä $r$ HDL:n massakeskipisteestä.\relax }{figure.caption.11}{}}
\newlabel{fig:debyehuckel}{{5.3b}{16}{Debye-Hückel -käyrä (DH) sovitettuna natrium-ionien radiaaliseen tiheysfunktioon.\relax }{figure.caption.11}{}}
\newlabel{sub@fig:debyehuckel}{{b}{16}{Debye-Hückel -käyrä (DH) sovitettuna natrium-ionien radiaaliseen tiheysfunktioon.\relax }{figure.caption.11}{}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {5.3}{\ignorespaces Zeta-potentiaalin m\IeC {\"a}\IeC {\"a}ritys s\IeC {\"a}hk\IeC {\"o}staattiesesta potentiaalista. Ison HDL:n arvioitu liukupinnan sijainti 6,5 nm on merkitty kuviin harmaalla katkoviivalla.\relax }}{16}{figure.caption.11}}
\newlabel{fig:zeta}{{5.3}{16}{Zeta-potentiaalin määritys sähköstaattiesesta potentiaalista. Ison HDL:n arvioitu liukupinnan sijainti 6,5 nm on merkitty kuviin harmaalla katkoviivalla.\relax }{figure.caption.11}{}}
\@writefile{toc}{\contentsline {section}{\numberline {5.3}S\IeC {\"a}hk\IeC {\"o}staattinen potentiaali}{16}{section.5.3}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {5.4}{\ignorespaces Systeemin komponenttien kumulatiivinen varaus et\IeC {\"a}isyydell\IeC {\"a} $r$ HDL:n massakeskipisteest\IeC {\"a}. Yhten\IeC {\"a}iset viivat kuvaavat isoa HDL:\IeC {\"a}\IeC {\"a} ja katkoviivat kuvaavat pient\IeC {\"a} HDL:\IeC {\"a}\IeC {\"a}.\relax }}{17}{figure.caption.12}}
\newlabel{fig:varaus}{{5.4}{17}{Systeemin komponenttien kumulatiivinen varaus etäisyydellä $r$ HDL:n massakeskipisteestä. Yhtenäiset viivat kuvaavat isoa HDL:ää ja katkoviivat kuvaavat pientä HDL:ää.\relax }{figure.caption.12}{}}
\newlabel{fig:orientaatio}{{5.5a}{18}{Vesimolekyylien orientaatio etäisyydellä $r$ HDL:n massakeskipisteestä.\relax }{figure.caption.13}{}}
\newlabel{sub@fig:orientaatio}{{a}{18}{Vesimolekyylien orientaatio etäisyydellä $r$ HDL:n massakeskipisteestä.\relax }{figure.caption.13}{}}
\newlabel{fig:orientaatiojakauma}{{5.5b}{18}{Vesimolekyylien orientaatiojakauma fosfolipidien pääryhmän kohdalla.\relax }{figure.caption.13}{}}
\newlabel{sub@fig:orientaatiojakauma}{{b}{18}{Vesimolekyylien orientaatiojakauma fosfolipidien pääryhmän kohdalla.\relax }{figure.caption.13}{}}
\@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {5.5}{\ignorespaces Vesimolekyylien keskim\IeC {\"a}\IeC {\"a}r\IeC {\"a}inen orientaatio HDL:n l\IeC {\"a}heisyydess\IeC {\"a}. Kulma $\theta $ on HDL:n pinnan normaalin ja vesimolekyylin happiatomista vetyatomien keskipisteeseen kulkevan vektorin v\IeC {\"a}linen kulma. Vesimolekyylin happiatomin osoittaessa kohti HDL-hiukkasta $\qopname  \relax o{cos}(\theta )$ on positiivinen ja happiatomin osoittaessa pois p\IeC {\"a}in HDL-hiukkasesta $\qopname  \relax o{cos}(\theta )$ on negatiivinen. Kaukana HDL:n pinnasta $\qopname  \relax o{cos}(\theta )$ l\IeC {\"a}hestyy nollaa, eli orientaatio katoaa. Katkoviivat osoittavat fosfolipidien p\IeC {\"a}\IeC {\"a}ryhm\IeC {\"a}n keskim\IeC {\"a}\IeC {\"a}r\IeC {\"a}isen sijainnin.\relax }}{18}{figure.caption.13}}
\citation{karilainen2015oxidation}
\bibstyle{abbrv}
\bibdata{lahteet}
\@writefile{toc}{\contentsline {chapter}{\numberline {6.}Yhteenveto}{19}{chapter.6}}
\@writefile{lof}{\addvspace {10\p@ }}
\@writefile{lot}{\addvspace {10\p@ }}
\bibcite{allen2004introduction}{1}
\bibcite{fig_struct}{2}
\bibcite{catte2006novel}{3}
\bibcite{chapman1981density}{4}
\bibcite{fig_co}{5}
\bibcite{gromacsman}{6}
\bibcite{darden1993particle}{7}
\bibcite{fig_popc}{8}
\bibcite{JCC:JCC540160303}{9}
\bibcite{essmann1995smooth}{10}
\@writefile{toc}{\contentsline {chapter}{\numberline {7.}L\IeC {\"a}hteet}{20}{chapter.7}}
\@writefile{lof}{\addvspace {10\p@ }}
\@writefile{lot}{\addvspace {10\p@ }}
\bibcite{goulinet1997plasma}{11}
\bibcite{goldnanoparticle}{12}
\bibcite{hennere2009molecular}{13}
\bibcite{hess2008p}{14}
\bibcite{hess1997lincs}{15}
\bibcite{hoover1985canonical}{16}
\bibcite{huang_apolipoprotein_2011}{17}
\bibcite{HUMP96}{18}
\bibcite{dssp}{19}
\bibcite{dssp83}{20}
\bibcite{karilainen2015oxidation}{21}
\bibcite{nose1984unified}{22}
\bibcite{Ohashi-2005-ID75}{23}
\bibcite{ollila2012interfacial}{24}
\bibcite{parrinello1981polymorphic}{25}
\bibcite{seelig1978molecular}{26}
\bibcite{Segrest-1999-ID79}{27}
\bibcite{Silva-2008-ID78}{28}
\bibcite{sparks1992quantitative}{29}
\bibcite{Tange2011a}{30}
\bibcite{Toth-2005-ID72}{31}
\bibcite{numpy}{32}
\bibcite{van1988leap}{33}
\bibcite{Vermeer2007}{34}
\bibcite{vonEckardstein-2001-ID73}{35}
\bibcite{vuorela_role_2010}{36}
\bibcite{wimley1996experimentally}{37}
\bibcite{hdlzeta}{38}